1990 йилда республика касаба уюшмалари томонидан Ўзбекистон касаба уюшмалари Федерациясини ташкил этиш ҳақида Декларация қабул қилиниб, уни ташкилий жиҳатдан расмийлаштириш ишлари 1991 йилда Федерация Уставини қабул қилиш билан якунланди. Ҳозирги кунда Ўзбекистон касаба уюшмалари Федерацияси 14 та тармоқ касаба уюшмалари, Қорақалпоғистон Республикаси, 12 та вилоят, Тошкент шаҳар касаба уюшмалари ташкилотлари бирлашмаларини, 6,1 млн.дан ортиқ касаба уюшмалари аъзоларини бирлаштиради. Ўзбекистон касаба уюшмалари Федерациясининг олий органи Қурултой ҳисобланади ва ҳар 5 йилда бир марта чақирилади. Қурултойлар оралиғида Федерация фаолиятига Ўзбекистон касаба уюшмалари Федерацияси Кенгаши раҳбарлик қилади. Кенгаш аъзолари тармоқ касаба уюшмаларининг Қурултойлари, касаба уюшмалари ташкилотлари ҳудудий бирлашмаларининг конференциялари, шунингдек Федерация Қурултойида сайланадилар. Мустақилликнинг дастлабки кунлариданоқ, республикадаги янги сиёсий, ижтимоий иқтисодий шароитларда, нодавлат нотижорат ташкилотларини ривожлантиришга алоҳида эътибор қаратила бошланди. Хусусан, мустақиллик йилларида қабул қилинган илк қонунлардан бири “Касаба уюшмалари, уларнинг ҳуқуқлари ва фаолиятининг кафолатлари тўғрисида”ги қонун бўлиб, мамлакатимиздаги энг оммавий жамоат ташкилотларидан бири бўлган касаба уюшмаларининг ҳуқуқий мақомини белгилаб берди. Федерация Қурултойида қабул қилинган дастурий ҳужжатларга мувофиқ касаба уюшмалари фаолиятининг йўналишлари ҳам ўзгариб борди. Бугунги кунда Ўзбекистон касаба уюшмалари Федерацияси  ижтимоий-меҳнат соҳасига, меҳнаткашлар ва касаба уюшмаларининг ҳуқуқларига оид қонунлар, норматив-ҳуқуқий ҳужжатлар лойиҳаларини ишлаб чиқишда фаол иштирок этиб келмоқда. Фуқаролик жамиятини шакллантириш ва демократик ислоҳотларни янада чуқурлаштириш Концепциясини амалга ошириш доирасида касаба уюшмалари Ўзбекистон Републикасининг “Ижтимоий шериклик тўғрисида”ги Қонуни ишлаб чиқилиши ҳамда қабул қилинишида бевосита иштирок этдилар, “Жамоатчилик назорати тўғрисида”ги қонун, “Меҳнат муҳофазаси тўғрисида” янги таҳрирдаги қонун  ва бошқа қонунлар лойиҳаларига тегишли таклифлар киритилди. Касаба уюшмалари ташкилотларига меҳнаткашлардан тушаётган мурожаатларнинг  60 фоиздан ортиғи меҳнат муносабатларига  оид бўлиб, Федерация тизимида ташкил этилган 30 та “Ишонч телефонлари” мазкур мурожаатларини тезкор қабул қилиш ва кўриб чиқиш, улар юзасидан ҳуқуқий маслаҳатлар бериш ва аниқ чораларни кўриш имкониятини яратди. Ижтимоий шерикликни янада ривожлантириш, ижтимоий шериклик ва ижтимоий-иқтисодий ва меҳнат муносабатларини тартибга солиш бўйича Республика учтомонлама комиссиясининг фаолиятида иштирок этиш Ўзбекистон касаба уюшмалари Федерациясининг асосий функцияларидан бирига айланди. Бунда Ўзбекистон Республикаси Вазирлар Маҳкамаси, Ўзбекистон касаба уюшмалари Федерацияси Кенгаши ва Ўзбекистон Республикаси Савдо-саноат палатаси ўртасида ижтимоий-иқтисодий масаларга оид Бош келишувнинг имзоланиши муҳим аҳамият касб этди. Ҳозирда 2014-2016 йилларга мўлжалланган Бош келишув амал қилмоқда. Бош келишувга мувофиқ тармоқ ва ҳудудий келишувлари қайта кўриб чиқилиб, уларга меҳнаткашларнинг манфаатларини ҳимоя қилиш бўйича қўшимча имтиёзлар киритилди. Бугунги кунда республикада 91 та тармоқ, 14 та ҳудудий келишувлар имзоланган. Бевосита корхона, ташкилот, муассасаларда тузилган 111 мингдан ортиқ жамоа шартномалари орқали ходимларга асосий узайтирилган ва қўшимча таътиллар бериш, турли устама ва қўшимча тўловлар, товон пулларини тўлаш, аёллар ва ёшлар бандлигини таъминлаш, уларга қулай ва бехатар меҳнат шароитларини яратиш, қўшимча имтиёзлар бериш, Халқаро Меҳнат Ташкилотининг Ўзбекистон Республикаси томонидан ратификация қилинган конвенцияларига риоя этиш  масалалари тартибга солиниб келинмоқда. Ҳар йили туманлар, вилоятлар ва республика миқёсида, манфаатдор вазирлик, идоралар ва фуқаролик жамиятининг бошқа институтлари вакиллари иштирокида “Меҳнат соҳасида муҳим аҳамиятга молик масалалар” мавзусида давра суҳбатларини ўтказиш анъанага айланди. Мазкур давра суҳбатларида  жамоа шартномаларининг йил якунлари бўйича бажарилишини муҳокама қилиш жараёнида меҳанткашлар томонидан кўтарилган муаммолар кўриб чиқилмоқда ва тезкор равишда ҳал қилинмоқда.

   Касаба уюшмалари томонидан корхона, ташкилот, муассасаларда ишлаётган, олий ва ўрта-махсус таълим муассасаларида таҳсил олаётган ёшларнинг, шунингдек аёлларнинг ижтимоий-иқтисодий ҳимоясини кучайтириш, улар билан ишлашни тизимли йўлга қўйиш мақсадида Федерация Кенгаши қошида Ёшлар ва Хотин-қизлар кенгашлари ташкил қилинган. Аҳоли бандлигини таъминлашга кўмаклашиш доирасида касаба уюшмалари яратилаётган янги иш ўринларининг ҳаққонийлигини ўрганишда иштирок этиб келмоқдалар. Аҳоли бандлигини таъминлаш ва коллеж битирувчиларини ишга жойлаштиришда касаба уюшмаларининг иштирокини таъминлаш юзасидан комплекс чора-тадбирлар ишлаб чиқилиб, амалга оширилмоқда. Касаба уюшмалари норасмий секторда меҳнат муносабатларини расмийлаштиришга кўмаклашишга алоҳида эътибор қаратмоқдалар, шу мақсадларда норасмий бандликни камайтиришга кўмаклашиш юзасидан тарғибот-ташвиқот ишларини ташкил қилиш бўйича касаба уюшмалари Федерациясининг тавсиялари ишлаб чиқилиб, жойларга етказилди. Нодавлат сектори корхона, ташкилотлари ходимларини касаба уюшмаларига жалб этишга қаратилган аниқ чоралар кўрилмоқда. Биргина 2015 йилнинг 1-ярим йиллигида 20 мингга яқин кичик бизнес субъектлари касаба уюшмаларига жалб қилиниб, 71 мингдан ортиқ кишининг ижтимоий ҳимояси таъминланди. Меҳнат муҳофазаси соҳасида асосий эътибор ишлаб чиқаришдаги бахтсиз ҳодисалар ва касб касалликларининг олдини олишга қаратилмоқда. Мазкур йўналишдаги ишларни янада такомиллаштириш мақсадида, касаба уюшмалари Федерациясининг ташаббуси билан, Меҳнат ва аҳолини ижтимоий муҳфаза қилиш вазирлиги, Савдо-саноат палатаси ҳамкорлигида «Меҳнат шароитлари ва муҳофазасини яхшилаш бўйича 2015-2016 йилларга мўлжалланган ҳаракатлар дастури» тасдиқланди. Идоралараро ишчи гуруҳи ташкил қилиниб, унга меҳнат муҳофазаси соҳасида норматив ҳужжатларни ишлаб чиқишда фаол иштирок этиш, ушбу йўналишда қонунчилик ҳужжатлари ҳамда халқаро стандартларни инвентаризациядан ўтказиш ва ўрганиш, меҳнат муҳофазаси соҳасидаги норматив-ҳуқуқий ҳужжатларга тегишли қўшимча ва ўзгартиришлар киритиш юзасидан  таклифларни тайёрлаш вазифалари юклатилди. Ишлаб чиқаришдаги бахтсиз ҳодисаларнинг сабабларини аниқлаш ва ўз вақтида бартараф этилишини таъминлаш мақсадида, касаба уюшмалари меҳнатни муҳофаза қилиш мутахассислари учун  ишлаб чиқаришдаги бахтсиз ҳодисаларни текшириш комиссиялари ишида иштирок этиш бўйича услубий қўлланма, «Ишлаб чиқаришдаги бахтсиз ходисалар ҳақида Ўзбекистон касаба уюшмалари Федерацияси тизимида хабардор этиш тартиби», «Ишлаб чиқаришдаги бахтсиз ходисаларни махсус текшириш комиссияси ишида касаба уюшмалари вакиллигини белгилаш тартиби» ишлаб чиқилди. Бошланғич ташкилотларнинг корхона, ташкилотларда тутган ўрни ва мавқеини янада ошириш, ходимларнинг ижтимоий-иқтисодий манфаатларини самарали ҳимоя қилиш борасидаги фаолиятларига кўмаклашиш мақсадида ҳар икки йилда бир марта “Энг намунали бошланғич ташкилот” кўрик-танлови ўтказилиб келинмоқда. Мазкур кўрик-танловнинг 2015 йилги туман, вилоят босқичларида 19 мингдан ортиқ бошланғич ташкилотлар иштирок этдилар. Бошланғич ташкилотлар фаолиятини такомиллаштириш дастури қабул қилиниб, амалга оширилмоқда. Ёш мутахассисларга иқтидорларини рўёбга чиқаришга касаба уюшмалари Федерацияси ва унга аъзо  ташкилотлар томонидан ўз ваколатлари доирасида кўмаклашиш доирасида ҳар йили “Йилнинг энг фаол ёш мутахассиси” кўрик-танлови ўтказилиб келинмоқда. Аҳолини касаба уюшмалари фаолиятидан хабардор этиш мақсадида Федерация Кенгашининг расмий портали, аъзо ташкилотларнинг веб-сайтлари доимий равишда такомиллаштириб борилмоқда. Федерация Кенгашининг веб-порталида интерактив хизматлар йўлга қўйилган, фуқаролар учун он-лайн режимида мурожаат қилиш имконияти яратилган. Ўзбекистон Миллий телерадиокомпанияси, республика босма оммавий ахборот воситалари таҳририятлари билан амалий ҳамкорлик йўлга қўйилиб, уларда касаба уюшмаларининг меҳнаткашларнинг ижтимоий-иқтисодий манфааталарини ҳимоя қилиш соҳасидаги фаолиятлари мунтазам равишда ёритиб борилмоқда. Ўзбекистон касаба уюшмалари Федерацияси Халқаро Меҳнат Ташкилоти, Халқаро касаба уюшмалари конфедерацияси, хорижий давлатларнинг касаба уюшмалари марказлари билан яқиндан ҳамкорлик қилиб келмоқда.